Δύο χρόνια αργότερα, στις 7 Μαΐου 2005 άρχισε η δίκη των κατηγορουμένων για το ναυάγιο του «Εξπρές Σάμινα» στο Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων Πειραιά και στις 27 Φεβρουαρίου 2006 εκδόθηκε η απόφαση, σύμφωνα με την οποία ο πλοίαρχος Βασίλειος Γιαννακής καταδικάσθηκε σε κάθειρξη 16 ετών και ο υποπλοίαρχος Αναστάσιος Ψυχογιός σε κάθειρξη 19 ετών. Οκτώ χρόνια επιβλήθηκαν στον ύπαρχο Γεώργιο Τριανταφύλλου, 8,5 χρόνια στον πρώτο μηχανικό Γεράσιμο Σκιαδαρέση και 15 μήνες στον ασυρματιστή Δημήτριο Τσούμα. Οι εκπρόσωποι της εταιρίας Νικόλαος Βικάτος και Κωνσταντίνος Κληρονόμος καταδικάσθηκαν σε φυλάκιση τεσσάρων ετών έκαστος. Οι καταδικασθέντες, εκτός του πλοιάρχου και του υποπλοιάρχου, άσκησαν έφεση και αφέθηκαν ελεύθεροι.

Η δίκη σε δεύτερο βαθμό έγινε το 2007 στο Πενταμελές Εφετείο Κακουργημάτων Πειραιά. Στις 25 Ιουνίου εκδόθηκε η απόφαση, σύμφωνα με την οποία στον πλοίαρχο του «Εξπρές Σάμινα» Βασίλειο Γιαννακή επεβλήθη κάθειρξη 11 ετών και 14 μηνών και στον υποπλοίαρχο Αναστάσιο Ψυχογιό κάθειρξη 12 ετών και 9 μηνών. Τρία χρόνια επέβαλε το δικαστήριο στον ύπαρχο Γεώργιο Τριανταφύλλου, ένα χρόνο στον πρώτο μηχανικό Γεώργιο Σκιαδαρέση και 10 μήνες στον ασυρματιστή Δημήτριο Τσούμα. Οι εκπρόσωποι της εταιρείας Νικόλαος Βικάτος και Κωνσταντίνος Κληρονόμος καταδικάστηκαν σε φυλάκιση δύο ετών έκαστος. Οι Γιαννακής και Ψυχογιός οδηγήθηκαν στη φυλακή και οι υπόλοιποι αφέθηκαν ελεύθεροι με αναστολή ή εξαγορά των ποινών τους. Στις 17 Ιουνίου 2010, ο Άρειος Πάγος μείωσε την ποινή του πλοιάρχου Γιαννακή στα 5,5 χρόνια.


Πηγή